元设总管府于赣州路，至元十五年（1278年）驻行中书省事，至元二十八年（1291年）驻行枢密院事，曾称赣州行省，管辖福建、广东、江西广大地区，是江西行省疆域最大的一个时期。

至元十六年（1279年）元世祖“以征日本，敕扬州、湖南、赣州、泉州四省造战船六百艘”，（>18>）>说明赣州“地重而物富，邑之雄也。

”明设置都御史巡抚南赣汀漳，节制江西、福建、广东、湖南四省布政司使（并在此设置十一任都御史），王阳明正德间在此南平谢志珊，北击宸濠，并在祥符宫设宴诱杀池仲容农民起义军领袖，又在赣州大建书院兴社学。

王阳明的实践和学说，在赣州由学生整理的“传习录”影响很大，形成阳明学派，并长时期在学术界占支配地位。

赣州自北宋周濂溪在赣州玉虎观讲学，授程颐、程颢二高足，程氏弟子杨时又在赣州任职，至王阳明时代，泰和罗钦顺、临川陈九川、安福邹守益均过从甚密，江南学者云集赣州，“致良知”’、“知行合一说”在此期间均为重要发挥阶段。

因之，学界认为赣州为宋明理学发祥地之一。

1644年明亡，l645、1646年南明政权以赣州为中心组织大规模抗清保卫战。

1646年五至十月被围，杨廷麟、万元古以大义鼓励居人，全城妇女孺子磨槊制挺人自为战，贡江两岸军民誓师祭天，江水为之沸腾，虽外无救兵，内无粮草，“饿死载道，人无叛志。

”（>19>）>城破杨延麟殉清水塘，万元吉投章江，城埤和巷战死者比比皆是，忠勇之士多举家以殉国难，赣州之役“南中精锐亦尽”。

（>20>）>赣州曾被誉为“忠诚府”。